Los sistemas complejos presentan una serie de problemas al ser estudiados. Este hecho nos hace reflexionar sobre los limites del conocimiento científico. En cada época particular el conocimiento ha tenido un limite. En el siglo pasado casi nada sé sabia sobre las partículas elementales, hoy en día conocemos mucha de sus propiedades pero sabemos muy poco sobre los mecanismos del clima terrestre. Entonces el estado del desarrollo científico y tecnológico es un limite de nuestro conocimiento, no podemos saber más de los que nuestros medios científicos lo permiten. Pero este limite no es fijo sino que se mueve conforme se desarrolla nuestra sociedad. Existen otros tipos de limites algunos impuestos por la naturaleza como la velocidad de la luz o la incertidumbre en el mundo cuántico.
Los limites aparecen en cinco casos principales. Cuando hay problemas que en principio pueden ser resueltos pero que son muy complicados. Un ejemplo de este caso es el comportamiento caótico. La predicción de la evolución temporal de un sistema caótico esta limitada por el crecimiento exponencial de los errores. Otro caso donde se presentan limites es cuando la pregunta que hacemos sobre la naturaleza no tiene respuesta dentro de la teoría científica, por ejemplo si deseamos saber simultáneamente cual es la posición y velocidad de una partícula cuántica, la física cuántica no puede responder a esa pregunta. En este caso los limites aparecen el las estructuras de las teorías científicas. En el caso de los sistemas complejos el entendimiento de las propiedades emergentes ofrecen limites a nuestro conocimiento. Hemos construido una estructura del universo sabemos que los quarks forman átomos que forman moléculas que forman vida que forman sociedades pero no podemos entender el comportamiento de una sociedad en función de quarks, átomos o moléculas. Un limite muy frecuente es el acceso a las fuentes de información en algunos casos es muy limitada. Como en paleontología donde es difícil entender la dinámica de los ecosistemas del pasado en función de un limitado grupo de restos petrificados o en astrofísica donde es muy poco lo que sabemos sobre los mecanismos que ocurren en los distantes quasares.
La principal fuente de información es la observación de la naturaleza pero para que la información sea información científica no es suficiente con observar, es necesario establecer un observable científico, esto es algún tipo de representación simbólica que posean un carácter comunal en el sentido que el fenómeno observado pueda ser observado por otros y que las observables científicas puedan ser registradas y preservadas para un posterior análisis. La información científica no constituye un conocimiento científico. El siguiente paso es el descubrimiento de relaciones entre los conjuntos de observables y su correlación con la teoría. Finalmente el desarrollo de la tecnología es un limite muy importante. Por ejemplo la física de partículas a energías de Planck esta aun lejos de nuestro alcance al igual que la predicción certera de las cotizaciones bursátiles.
